Los pocos datos de que disponemos sobre Tucídides provienen, en su mayor parte, de algunos pasajes de su propia obra. El resto de fuentes o tienen poca verosimilitud o son directamente fantásticas. El único testimonio cierto que tenemos, en torno al cual se ha construido su biografía, es que fue designado estratego por Atenas en el año 424 a.C. durante la Guerra del Peloponeso. El cargo de estratego (uno de los pocos oficios no sorteados entre los atenienses) exigía que el elegido tuviese una edad mínima de 30 años. De este modo Tucídides tuvo que nacer, al menos, antes del año 454 a.C.
Aunque la cuestión no está exenta de debate, se ha mantenido con cierta consistencia que nació en el seno de la familia de los Filiadas, perteneciente a la nobleza ateniense, a la que se asocia con personajes tan importantes como Cimón (de quien se dice que fue su cuñado). Sabemos que su padre se llamaba Oloro y en uno de los pasajes de su obra deja constancia de poseer unas minas de oro en Tracia. Poco más conocemos del entorno familiar y de su vida hasta el 424, aunque no es disparatado suponer que tuvo acceso a los círculos más influyentes de Atenas y un activo papel en la vida pública de la polis.
Al igual que Herodoto, Tucídides sufrió el destierro. En su caso este castigo estuvo motivado por el desastroso resultado del asedio a Anfípolis, que lideró durante la guerra. No se tiene constancia exacta de dónde pasó su destierro, ni si finalmente volvió a Atenas tras la amnistía general concedida en el 404 a.C a iniciativa de Enobio. Su muerte, al igual que todo lo que rodea su vida, está envuelta en la confusión. Dado que su obra está incompleta, parte de la historiografía considera que murió antes de que terminase el conflicto, esto es, antes del año 404 a.C. No obstante, otros críticos, sobre la base de algunos de los pasajes de su obra (en concreto, los relativos al rey Arquelao de Macedonia y a los avances de la derrota ateniense), sostienen que Tucídides debió morir en torno al año 398 a.C. Las causas de su muerte se desconocen.
Si Herodoto fue el primero en elaborar una historia universal, a Tucídides le corresponde el honor de ser el primer historiador científico, esto es, quien por primera vez aplica a su obra criterios metodológicos para dotarla de una mayor imparcialidad y exhaustividad. Lo que busca con su Historia de la Guerra del Peloponeso es hacer una verdadera ciencia huyendo de las exageraciones, de la falta de objetividad que caracterizaba a los poetas y del elemento fabuloso que aún permanecía en Herodoto. Para lograrlo utilizará la prosa ática y será el primero en hacerlo pues hasta entonces la prosa era utilizada únicamente por los logógrafos, los sofistas y el mundo jonio.
Si los historiadores que le anteceden adoptaban el estilo lento y difuso del cuento popular y con un cierto ornamento poético, Tucídides va a transformar radicalmente este estilo aplicando un lenguaje conciso, austero, serio y directo. Lo que no le impide acudir a ciertos recursos literarios para mantener en tensión al lector, como la anticipación (avanza el resultado de un acontecimiento para cautivarle durante su descripción); la narración con suspense (relata hechos de manera discontinua y entremezclada, lo que da lugar a una rica gama de semejanzas y relaciones mutuas); o la composición en anillo (adelanta una mención, introduce luego una narración relacionada con ella y vuelve finalmente a la mención inicial, pese al carácter lineal de los hechos históricos).
Si atendemos a lo que nos dice en el prólogo de la Historia de la Guerra del Peloponeso, Tucídides inició su redacción en el mismo momento en que se desataron las hostilidades entre Esparta y Atenas. Más allá de la verosimilitud de esta afirmación, parece improbable que pudiese recabar toda la información y contrastar sus fuentes de forma paralela al desarrollo de los propios acontecimientos. Tucídides pone de manifiesto el carácter contemporáneo de lo que nos está transmitiendo, es decir, no aborda un hecho lejano ya pasado, sino un suceso que está vivo mientras nos lo cuenta.
Esta forma de entender la historia es original de Tucídides. La finalidad de su obra no es tanto reflejar para la posteridad un acontecimiento que se está produciendo a la vez que escribe, sino más bien describir el presente y buscar las causas que lo han provocado. Por esta razón su concepción del pasado difiere del nuestro: el pasado sólo le interesa en la medida en que ayuda a comprender el presente. La reflexión sobre los hechos ya acaecidos y su posible valor paradigmático es una constante en su obra, especialmente visible en los discursos y siempre supeditada a lo realmente importante, el presente. Esta concepción del tiempo le lleva a utilizar un sistema cronológico novedoso: no fija los años en función del nombre de un magistrado (lo que podría llevar a confusión al participar numerosas ciudades), sino que utiliza una división fundada en los años solares. De este modo puede fijar con mayor precisión el momento en que se producen las acciones que describe.
Siguiendo la tradición iniciada por Herodoto, pero llevándola a sus últimos extremos, el papel de los dioses en la obra de Tucídides es prácticamente inexistente. Para él no es la envidia de las deidades el motor del acontecer histórico, sino que éste anida en la lógica interna de los hechos y en las acciones y reacciones de la psicología y de la inteligencia humana. El hombre en cuanto ser social va a ser el verdadero protagonista de la Historia de la Guerra del Peloponeso. Siendo la razón y no el mito la que explique los sucesos que narra, Tucídides suprime cualquier referencia a la fuerza moral como leitmotiv de las acciones de los hombres, pues es la inteligencia de éstos el factor decisivo de la historia.
Junto a la concepción antropocéntrica de la historia aparecen en Tucídides, en un nivel superior al hombre, una serie de leyes o principios no enunciados de modo expreso por el propio autor pero que van a determinar el devenir de los acontecimientos humanos. En primer lugar, las potencias que cuenten con un imperio serán aborrecidas por sus súbditos, lo que les obligará a aplicar una férrea política de control sobre ellos, incrementada con el paso del tiempo. En segundo lugar, la pleonexia (la ambición por tener más) es propia del comportamiento del hombre, y por extensión de los Estados y les mueve a expandirse. El éxito de su expansión dependerá, no de la masa, sino de quien guíe a ésta. En tercer y último lugar se impone la lógica incontestable del más fuerte, cuya voluntad prevalece sin que el principio de justicia guíe sus acciones. Como se puede ver, a lo largo de toda la obra de Tucídides subyace la idea del poder, en concreto del poder político.